Primeros pasos
Se inició en Huracán de San Luis, de su ciudad natal, pasó luego por Sarmiento de Junín, Jorge Newbery de Villa Mercedes, Sportivo Estudiantes y Gimnasia y Esgrima de Mendoza.
Homenaje
El 15 de abril de 1992,3 a casi tres meses del adiós de Juan Gilberto Funes, los futbolistas profesionales le rindieron un homenaje al “Búfalo” con un partido en cancha de Vélez Sarsfield que organizó Diego Armando Maradona, partido solidario y polémico a la vez, porque Diego arrastraba una suspensión por dopaje y FIFA amenazó con sanciones de más de un año sobre todos los futbolistas que participaran. Para eludir la sanción, por ejemplo, los saques laterales se hacían con el pie. Sorprendentemente, el partido tuvo una altísima convocatoria con figuras de la talla de Oscar Ruggeri, Gareca, Roque Alfaro y patrocinio de empresas como X28 (alarmas) y caramelos Sugus; fue televisado y las regalías se donaron a la familia del jugador fallecido.
Aquella noche jugaron: Nery Pumpido, Navarro Montoya, Cancelarich, Chilavert, Batista, Altamirano, Néstor Fabbri, Garré, Basualdo, Blas Giunta, García Acosta, Bisconti, Carranza, Ortega Sanches, Roberto Cabañas, Acuña, Marchesini, Pipo Gorosito, Gancedo, López Turitich, Soñora, Vázquez, "El Cabezón" Ruggeri, Enrique, Villarreal, Mancuso, Beto Márcico, Latorre, González, "El Flaco" Gareca, Giusti, Meijide, Zacarías, Ponce, Tapia, Rudman, Flores, el hermano de Funes y, obviamente, Maradona.
Fallecimiento
Murió en 1992 a causa de una endocarditis protésica. Es considerado uno de los más grandes ídolos de Millonarios de Bogotá, una barra representativa del club tiene de nombre La Barra del Búfalo en honor al puntano y siempre se le recuerda en River Plate por ser artífice de la esquiva Copa Libertadores que el equipo de Núñez buscó durante 25 años.
En el mausoleo que guarda sus restos en el Cementerio del Rosario de la ciudad de San Luis, el club Juan Gilberto Funes de Leandro Alem, le rindió un homenaje conmemorativo a 26 años de su fallecimiento.
El Concejo Deliberante de la Ciudad de San Luis aprobó el cambio de nombre de la Avenida Julio A. Roca por Juan Gilberto “El Búfalo” Funes.
Entrevista al hijo del "Búfalo"
El movil de la radio, entrevistó a su hijo Juan Pablo Funes.
